Jacob Rathe dispute ses premières courses à l'âge de dix ans, en VTT, que pratique également son père. À quatorze ans, il s'inscrit à son premier club, le Beaverton Bicycle Club et passe au cyclisme sur route. À 16 ans, il est sélectionné en équipe nationale junior. Il dispute avec elle quelques courses en Belgique et en gagne deux. L'année suivante, en 2008, il rejoint l'équipe CMG-Hammer Nutrition. En 2009, avec l'équipe nationale de cette catégorie, il gagne une étape du Regio Tour, dont il prend la sixième place finale, et dispute le championnats du monde sur route, où il se classe 17e. En 2010, il est membre de l'équipe continentaleJelly Belly-Kenda mais court essentiellement avec l'équipe nationale junior[2].
En 2012, Jacob Rathe devient cycliste professionnel[1] au sein de la ProTeamGarmin-Barracuda, avec lequel il signe un contrat de deux ans[3]. Durant cette première année, il gagne les étapes contre-la-montre par équipes du Tour du Qatar et du Tour de l'Utah.