Az NK Uljanik nevezetű labdarúgó csapatot 1948-ban alapították, amely 1961-ben egyesült az NK Pula-val és megalakult az NK Istra, így alapvetően ez az év tekinthető a klub alapításának. Az eddigi legsikeresebb szezonja kétségkívül a 2002/03-as volt. Ekkor a Hajduk Split ellen vereséget szenvedtek a horvát kupa döntőjében és második helyen végeztek. Összesítésben 4–1 arányban maradtak alul. A 2004/05-ös bajnokságban tiszteletből átkeresztelték a klub nevét NK Pula 1856 névre, mert 1856 volt az az év, amikor az Osztrák–Magyar Monarchia, Póla kikötőjébe telepítette a tengeri haderejét és az Uljanik nevezetű hajógyár is ekkor nyílt meg. Ugyanebben az évben szerepelt legelőször a Prva HNL-ben. 2005-ben ismét új nevet kapott. A csapat szponzora jóvoltából az új név NK Pula Staro Češko lett (Staro Češko egy sör márka). Szintén egy évvel később újból megváltozott az elnevezés és ekkor kapta az NK Pula nevet. 2007 nyarán immáron ötödik alkalommal változott a klub neve (NK Istra 1961). Minderre azért volt szükség, mert a csapat szurkolói csoportjától (Demons) érkezett egy ultimátum, mely szerint csak abban az esetben fognak továbbra is szurkolni, ha megváltoztatják a klub nevét illetve színeit és a tradicionális színeket (zöld és sárga) fogják használni.