La Challenge Cup 2012 -2013 è stata la 20ª edizione del terzo torneo europeo, dopo la Champions League e la EHF Cup (fino all'edizione precedente era il 4º torneo in ordine di importanza ma con la fusione della Coppa delle Coppe nella EHF Cup è diventato il terzo), riservato alle squadre di club di pallamano maschile. Esso è organizzato dall'European Handball Federation , la federazione europea di pallamano. La competizione è iniziata il 12 ottobre 2012 .
Il formato del torneo prevede dei turni di qualificazione disputati mediante la formula dell'eliminazione diretta con incontri di andata e ritorno.
Põlva 13 ottobre 2012, ore 18:00 Polva Serviti 18 – 33 HC Initia Hasselt
Squadra 1 Squadra 2 Andata Ritorno Totale Maccabi Tel Aviv
SPE Strovolos
Nicosia , 15 dicembre 2012 Nicosia , 16 dicembre 2012 48 - 57 26 - 25 22 - 32 Pölva Serviti
SKA Minsk
Pölva , 24 novembre 2012 Minsk , 1º dicembre 2012 56 - 73 32 - 37 24 - 36 HC Izvidac
Maliye Milli Piyango SK
Ljubuški , 24 novembre 2012 Ankara , 2 dicembre 2012 57 - 55 30 - 25 27 - 30 RK Sutjeska
HC Initia Hasselt
Hasselt , 24 novembre 2012 Hasselt , 25 novembre 2012 34 - 53 18 - 30 16 - 23 KH Prishtina
Handball Esch
Pristina , 24 novembre 2012 Esch-sur-Alzette , 1º dicembre 2012 50 - 55 28 - 24 22 - 31 Klaipeda Dragunas
ZTR Zaporižžja
Klaipėda , 24 novembre 2012 Zaporižžja , 1º dicembre 2012 51 - 51 27 - 22 24 - 29 BB Ankara Spor
HK Spartak Varna
Ankara , 24 novembre 2012 Ankara , 25 novembre 2012 59 - 38 33 - 16 26 - 22 Drammen HK
HC Portovik
Drammen , 24 novembre 2012 Odessa , 1º dicembre 2012 60 - 54 38 - 29 22 - 25 RK Ovce Pole
IL Runar
Sandefjord , 27 novembre 2012 Sandefjord , 27 novembre 2012 0 - 20 0 - '10 0 - 10 Rukometni Klub Radnicki Kragujevac
Pas Aeropos Edessas
Kragujevac , 24 novembre 2012 Edessa , 1º dicembre 2012 71 - 51 38 - 25 33 - 26
Squadra 1 Squadra 2 Andata Ritorno Totale Drammen HK
HC Izvidac
Drammen , 16 febbraio 2013 Ljubuški , 23 febbraio 2013 75 - 42 41 - 20 34 - 22 BB Ankara Spor
AC Doukas
Ankara , 16 febbraio 2013 Amarousio , 24 febbraio 2013 54 - 51 29 - 23 25 - 28 Handball Esch
RK Spartak Vojput
Esch-sur-Alzette , 17 febbraio 2013 Subotica , 23 febbraio 2013 54 - 53 34 - 26 20 - 27 Klaipeda Dragunas
Rukometni Klub Radnicki Kragujevac
Klaipėda , 23 febbraio 2013 Klaipėda , 24 febbraio 2013 53 - 55 30 - 28 23 - 27 HC Initia Hasselt
KS Azoty-Pulawy
Hasselt , 17 febbraio 2013 Puławy , 23 febbraio 2013 50 - 50 21 - 21 29 - 29 IL Runar
PAOK
Sandefjord , 16 febbraio 2013 Salonicco , 23 febbraio 2013 68 - 57 36 - 26 32 - 31 CSU Suceava
SPE Strovolos
Suceava , 16 febbraio 2013 Nicosia , 23 febbraio 2013 67 - 59 35 - 34 32 - 25 SKA Minsk
Handball Club Pressano
Minsk , 16 febbraio 2013 Lavis , 24 febbraio 2013 67 - 45 39 - 25 28 - 20
Vincitore della EHF Challenge Cup 2012-2013 SKA Minsk 1º titolo