il complesso può avere due principali configurazioni geometriche a seconda della posizione del protone . Se il protone è fortemente legato ad una delle due molecole di acqua, il sistema può essere considerato come il complesso intermolecolare tra e e viene chiamato Eigen . Se invece protone è condiviso in modo uguale dalle due molecole di acqua, la struttura è chiamata Zundel. Le due strutture possiedono differenti proprietà di simmetria e la loro relativa stabilità è stata stimata attorno a a favore dell'isomero Zundel utilizzando i metodi della chimica quantistica.
L'energia di interazione tra il dimero (H2O)2 e il dimero protonato nel vuoto è chiamata affinità protonica di
L'affinità protonica sperimentale del dimero dell'acqua è .