Le elezioni europee del 1999 in Belgio si sono tenute il 13 giugno.
Liste | Gruppo | Circoscrizione | Voti | % | Seggi |
| Liberali e Democratici Fiamminghi | ELDR | Fiamminga | 847.099 | 13,61 | 3 |
| Partito Popolare Cristiano | PPE-DE | Fiamminga | 839.720 | 13,49 | 3 |
| Partito Riformatore Liberale | ELDR | Vallone | 624.445 | 10,03 | 2 |
| Movimento dei Cittadini per il Cambiamento | PPE-DE | 1 |
| Partito Socialista | PSE | Vallone | 596.567 | 9,59 | 3 |
| Blocco Fiammingo | GTI | Fiamminga | 584.392 | 9,39 | 2 |
| Partito Socialista (fiammingo) | PSE | Fiamminga | 550.237 | 8,84 | 2 |
| Ecolo | Verdi/ALE | Vallone/Tedesca | 531.592 | 8,54 | 3 |
| Unione Popolare | Verdi/ALE | Fiamminga | 471.238 | 7,57 | 2 |
| Agalev | Verdi/ALE | Fiamminga | 464.042 | 7,46 | 2 |
| Partito Sociale Cristiano | PPE-DE | Vallone | 307.912 | 5,17 | 1 |
| Vivant | - | Fiamminga/Vallone/Tedesca | 123.438 | 1,98 | - |
| Fronte Nazionale | - | Vallone | 94.848 | 1,52 | - |
| Debout Les Belges! (DLB) | - | Francofona | 46.088 | 0,74 | - |
| Parti pour une Nouvelle Politique Belge (PNPB) | - | Fiamminga/Vallone | 27.553 | 0,44 | - |
| Partito Comunista (Vallonia) | - | Vallone | 25.539 | 0,41 | - |
| Fronte Nuovo del Belgio (FNB) | - | Vallone | 24.792 | 0,40 | - |
| Partito del Lavoro del Belgio (PVDA) | - | Fiamminga | 21.966 | 0,35 | - |
| Partito Cristiano Sociale (CSP) | PPE-DE | Tedesca | 13.456 | 0,22 | 1 |
| Altri <10.000 voti | - | Fiamminga/Vallone/Tedesca | 28.218 | 0,45 | - |
Totale | 6.223.142 | | 25 |
- Ecolo ha ottenuto 525.316 voti nella circoscrizione vallone, 6.276 voti nella circoscrizione tedesca.
- Vivant ha ottenuto 67.107 voti nella circoscrizione fiamminga, 55.133 voti nella circoscrizione vallone, 1.198 voti nella circoscrizione tedesca.
- Il Parti pour une Nouvelle Politique Belge ha ottenuto 17.095 voti nella circoscrizione fiamminga, 10.458 voti nella circoscrizione vallone.