Fondata con il nome di FC Victoria il 1º luglio 1896, nel 1902 si fonde con il FC Young-Boys Schaffhausen ed assume il nome corrente, poi abbandonato due anni più tardi a seguito di un'ulteriore fusione con il Grasläufer Schaffhausen, che muta la denominazione sociale in Vereinigte Fussball-Klubs von Schaffhausen. Dopo essere stata ulteriormente ridenominata FC Schaffhausen-Sparta nel 1915, dal 1936 la società ha riacquisito stabilmente il nome FC Schaffhausen.
È il club calcistico più prestigioso e titolato del proprio cantone ed uno dei più longevi di tutta la Svizzera.
La squadra ha disputato in totale sette campionati di massima divisione nazionale, conseguendo quale miglior risultato l'ottavo posto nella stagione 2005-2006. L'ultima stagione di militanza è stata la 2006-2007, chiusa al decimo e ultimo posto.
Storicamente la categoria maggiormente frequentata dal club è la seconda serie, cui al 2018 ha partecipato per 55 volte, vincendola nelle stagioni 1962-63 e 2003-04. Nel palmarès rientrano inoltre quattro vittorie del campionato di terza serie.
In Coppa Svizzera il miglior risultato (conseguito per due volte) è costituito dal raggiungimento della finale, senza però mai arrivare a vincerla.
1940-41 - ? in Seconda Lega. Promossa in Prima Lega.[1]
1941-42 - 10º nel gruppo 2 della Prima Lega, va agli spareggi retrocessione. Perde gli spareggi contro il Dopolavoro Ginevra ed è retrocesso in Seconda Lega.
Dal 1950 al 2016 la prima squadra del FCS ha disputato le partite casalinghe allo Stadion Breite, impianto di proprietà municipale, capace di ospitare fino a 7.300 spettatori (dei quali 1.290 seduti e 6.010 in piedi), con un terreno di gioco in erba naturale misurante 104 m per 69 m.
A seguito della dismissione di detto impianto (la cui capienza era ormai ridotta a poco più di 4.200 posti e la cui obsolescenza non ne permetteva più l'omologazione ai fini delle massime competizioni calcistiche elvetiche), lo Sciaffusa si è trasferito nel nuovo Stadion Schaffhausen, inaugurato ufficialmente nel girone di ritorno del campionato di Challenge League 2016-2017. La nuova struttura è capace di 8.100 posti a sedere integralmente coperti e numerati e dispone di un terreno in erba sintetica di ultima generazione; l'edificio comprende inoltre spazi destinati ad esercizi commerciali ed uffici amministrativi. La costruzione (costata circa 50 milioni di franchi svizzeri) è stata curata dalla Fontana Invest, società del presidente dell'allora presidente del club Aniello Fontana, che ne detiene anche la proprietà[2][3], mentre il nome è stato concesso ad uno sponsor.
Lo Schaffhausen può vantarsi di aver lanciato nel mondo del calcio Roberto Di Matteo, che tra il 1988 e il 1991 giocò 50 partite con la squadra della sua città natale prima di trasferirsi allo Zurigo e fare carriera, affermandosi come uno dei più talentuosi centrocampisti italiani.
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