Gene Wiki

Gene Wiki è un progetto di Wikipedia che mira a descrivere le relazioni e le funzioni di tutti i geni umani. È stato avviato per trasferire informazioni dalle risorse scientifiche agli articoli "stub" (abbozzi) di Wikipedia.^[1]^[2]^[3]

Il progetto Gene Wiki ha inoltre avviato la pubblicazione di review sulla rivista Gene, insieme alla modifica delle pagine su Wikipedia relative al genoma umano.^[4]

La collaborazione tra il progetto Gene Wiki e la rivista Gene si è conclusa nel maggio 2022, dieci anni dopo l'avvio del progetto. Una relazione dei project leader riassume i risultati del progetto.^[5]

Obiettivi e ambito del progetto

Si stima che il genoma umano contenga circa 20.000-25.000 geni codificanti proteine.^[6] L'obiettivo del progetto Gene Wiki è creare articoli per ogni gene umano degno di nota, ovvero ogni gene la cui funzione sia stata assegnata nella letteratura scientifica sottoposta a revisione paritaria. Circa la metà dei geni umani ha una funzione assegnata, quindi il numero totale di articoli trattati dal progetto Gene Wiki dovrebbe essere compreso tra 10.000 e 15.000.

Una volta stabiliti gli articoli afferenti al progetto, la speranza e l'aspettativa è che questi vengano annotati e ampliati da utenti che comprendono appassionati, studenti, professionisti e accademici.^[1]

Solo una piccola porzione del genoma codifica effettivamente le proteine nel genoma umano. Comprendere la funzione di un gene che codifica per una proteina richiede generalmente la comprensione della funzione della proteina corrispondente. Oltre a includere informazioni di base sul gene, il progetto include quindi anche informazioni sulla proteina codificata dal gene. La funzione di altre porzioni del genoma, il DNA non codificante, chiamato in passato anche "DNA spazzatura" perché apparentemente privo di funzione, si ritiene in realtà abbia funzioni regolatrici.

Contenuti generati

Gli stub per il progetto Gene Wiki sono creati da un bot e contengono collegamenti ai seguenti database primari di geni/proteine:

HUGO Gene Nomenclature Committee (HGNC): nome ufficiale del gene
Entrez – database genetico
Mendelian Inheritance in Man – database che cataloga tutte le malattie conosciute con una componente genetica
Amigo – Gene Ontology
HomoloGene - omologhi genetici in altre specie
SymAtlasRNA – modello di espressione genica nei tessuti^[7]
Protein Data Bank - struttura 3D delle proteine codificate dal gene
UniProt - un archivio centrale di dati sulle proteine

Note

^ ^a ^b Huss JW, Orozco C, Goodale J, Wu C, Batalov S, Vickers TJ, Valafar F, Su AI, A Gene Wiki for Community Annotation of Gene Function, in PLOS Biology, vol. 6, n. 7, luglio 2008, pp. e175, DOI:10.1371/journal.pbio.0060175, PMC 2443188, PMID 18613750.
^ Huss JW, Orozco C, Goodale J, Wu C, Batalov S, Vickers TJ, Valafar F, Su AI, SciVee Pubcast: A Gene Wiki for Community Annotation of Gene Function, su scivee.tv. URL consultato il 19 novembre 2008 (archiviato dall'url originale il 24 luglio 2010).
^ Huss JW, Lindenbaum P, Martone M, D. Roberts, A. Pizarro, F. Valafar, J. B. Hogenesch e A. I. Su, The Gene Wiki: community intelligence applied to human gene annotation, in Nucleic Acids Research, vol. 38, Database issue, gennaio 2010, pp. D633–9, DOI:10.1093/nar/gkp760, PMC 2808918, PMID 19755503.
^ Tsueng G, Good BM, Ping P, Golemis E, Hanukoglu I, van Wijnen AJ, Su AI, Gene Wiki Reviews-Raising the quality and accessibility of information about the human genome, in Gene, vol. 592, n. 2, 2 maggio 2016, pp. 235–8, DOI:10.1016/j.gene.2016.04.053, PMC 5944608, PMID 27150585.
^ van Wijnen AJ, Golemis E, Hanukoglu I, Tsui SK, Hu E, Ul-Hasan S, Joy J, Su AI, Tsueng G, A retrospective evaluation of a decade of Gene Wiki Reviews and their impact (PDF), in Gene, vol. 830, luglio 2022, pp. 146534, DOI:10.1016/j.gene.2022.146534, PMID 35525475.
^ Clamp M, Fry B, Kamal M, Xie X, Cuff J, Lin MF, Kellis M, Lindblad-Toh K e Lander ES, Distinguishing protein-coding and noncoding genes in the human genome, in Proceedings of the National Academy of Sciences USA, vol. 104, n. 49, dicembre 2007, pp. 19428–33, DOI:10.1073/pnas.0709013104, PMC 2148306, PMID 18040051.
^ Su AI, Wiltshire T, Batalov S, Lapp H, Ching KA, Block D, Zhang J, Soden R, Hayakawa M, Kreiman G, Cooke MP, Walker JR, Hogenesch JB, A gene atlas of the mouse and human protein-encoding transcriptomes, in Proceedings of the National Academy of Sciences USA, vol. 101, n. 16, aprile 2004, pp. 6062–7, Bibcode:2004PNAS..101.6062S, DOI:10.1073/pnas.0400782101, PMC 395923, PMID 15075390.

Bibliografia

Good BM, Howe DG, Lin SM, Kibbe WA, Su AI, Mining the Gene Wiki for functional genomic knowledge, in BMC Genomics, vol. 12, 2011, pp. 603, DOI:10.1186/1471-2164-12-603, PMC 3271090, PMID 22165947.
Good BM, Clarke EL, de Alfaro L, Su AI, The Gene Wiki in 2011: community intelligence applied to human gene annotation, in Nucleic Acids Research, vol. 40, Database issue, gennaio 2012, pp. D1255–61, DOI:10.1093/nar/gkr925, PMC 3245148, PMID 22075991.
Good BM, Clarke EL, Loguercio S, Su AI, Linking genes to diseases with a SNPedia-Gene Wiki mashup, in J Biomed Semantics, vol. 3, Suppl 1, 2012, pp. S6, DOI:10.1186/2041-1480-3-S1-S6, PMC 3337266, PMID 22541597.
Su AI, Good BM, van Wijnen AJ, Gene Wiki Reviews: marrying crowdsourcing with traditional peer review, in Gene, vol. 531, n. 2, dicembre 2013, pp. 125, DOI:10.1016/j.gene.2013.08.093, PMID 24012870.

Collegamenti esterni

Spagat E, Edit your DNA: 'Gene wiki' to debut on Wikipedia, su abcnews.go.com, The Associated Press (in ABC News, 9 luglio 2008. URL consultato il 29 settembre 2011.
McKenney AS, Archiving Information About The Human Genome Using Wikipedia, in IT / Internet / E-mail News, Medical News Today, 8 luglio 2008. URL consultato il 19 luglio 2008.
Tay L, Wikipedia hosts human gene repository, in iTnews Australia, Haymarket Media, 10 luglio 2008. URL consultato il 19 luglio 2008 (archiviato dall'url originale il 13 luglio 2008).
Mitch Waldrop, Big data: Wikiomics, in Nature, vol. 455, n. 7209, 3 settembre 2008, pp. 22–25, DOI:10.1038/455022a, PMID 18769412.

Portale Informatica

Portale Medicina

[pmid18613750-1] Huss JW, Orozco C, Goodale J, Wu C, Batalov S, Vickers TJ, Valafar F, Su AI, A Gene Wiki for Community Annotation of Gene Function, in PLOS Biology, vol. 6, n. 7, luglio 2008, pp. e175, DOI:10.1371/journal.pbio.0060175, PMC 2443188, PMID 18613750.

[SciVee_Pubcast-2] Huss JW, Orozco C, Goodale J, Wu C, Batalov S, Vickers TJ, Valafar F, Su AI, SciVee Pubcast: A Gene Wiki for Community Annotation of Gene Function, su scivee.tv. URL consultato il 19 novembre 2008 (archiviato dall'url originale il 24 luglio 2010).

[pmid19755503-3] Huss JW, Lindenbaum P, Martone M, D. Roberts, A. Pizarro, F. Valafar, J. B. Hogenesch e A. I. Su, The Gene Wiki: community intelligence applied to human gene annotation, in Nucleic Acids Research, vol. 38, Database issue, gennaio 2010, pp. D633–9, DOI:10.1093/nar/gkp760, PMC 2808918, PMID 19755503.

[4] Tsueng G, Good BM, Ping P, Golemis E, Hanukoglu I, van Wijnen AJ, Su AI, Gene Wiki Reviews-Raising the quality and accessibility of information about the human genome, in Gene, vol. 592, n. 2, 2 maggio 2016, pp. 235–8, DOI:10.1016/j.gene.2016.04.053, PMC 5944608, PMID 27150585.

[pmid35525475-5] van Wijnen AJ, Golemis E, Hanukoglu I, Tsui SK, Hu E, Ul-Hasan S, Joy J, Su AI, Tsueng G, A retrospective evaluation of a decade of Gene Wiki Reviews and their impact (PDF), in Gene, vol. 830, luglio 2022, pp. 146534, DOI:10.1016/j.gene.2022.146534, PMID 35525475.

[pmid18040051-6] Clamp M, Fry B, Kamal M, Xie X, Cuff J, Lin MF, Kellis M, Lindblad-Toh K e Lander ES, Distinguishing protein-coding and noncoding genes in the human genome, in Proceedings of the National Academy of Sciences USA, vol. 104, n. 49, dicembre 2007, pp. 19428–33, DOI:10.1073/pnas.0709013104, PMC 2148306, PMID 18040051.

[pmid15075390-7] Su AI, Wiltshire T, Batalov S, Lapp H, Ching KA, Block D, Zhang J, Soden R, Hayakawa M, Kreiman G, Cooke MP, Walker JR, Hogenesch JB, A gene atlas of the mouse and human protein-encoding transcriptomes, in Proceedings of the National Academy of Sciences USA, vol. 101, n. 16, aprile 2004, pp. 6062–7, Bibcode:2004PNAS..101.6062S, DOI:10.1073/pnas.0400782101, PMC 395923, PMID 15075390.

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