Il club è nato nel 1968 dalla fusione tra Fortuna 54 e Sittardia. Il Fortuna, avente sede a Geleen, era la squadra più importante fra le due, vantando nel proprio palmarès due Coppe d'Olanda e un secondo posto nel campionato 1956-1957 alle spalle dell'Ajax, ma fu costretta alla fusione per risolvere i propri problemi finanziari.
Durante la sua storia il club ha vissuto alterne fortune. Subito dopo la fondazione arrivò all'ultimo posto retrocedendo in Eerste Divisie, dove rimase per tredici anni prima di riaffacciarsi in Eredivisie nel 1982-1983. L'anno seguente arrivò in finale in KNVB Beker, dove venne sconfitto dal Feyenoord già Campione d'Olanda, ottenendo però la possibilità di giocare nella Coppa delle Coppe 1984-1985.
Rimase nella massima serie per quasi vent'anni, grazie all'apporto di numerosi talenti cresciuti nelle file delle squadre giovanili come Kevin Hofland, Mark van Bommel e Fernando Ricksen. La retrocessione arrivò nel 2001-2002, e ad essa seguirono anche grosse difficoltà finanziarie che portarono il Fortuna sull'orlo della bancarotta. Il club riuscì in seguito a pagare gran parte dei suoi debiti vendendo il suo nuovo stadio Trendwork arena, ma le prestazioni sul terreno di gioco non migliorarono e il Fortuna arrivò all'ultimo posto in Eerste Divisie per tre stagioni consecutive. In particolare nel 2005-06 stabilì un nuovo record negativo per il calcio professionistico olandese, con 28 partite di fila senza una vittoria.
Il 4 febbraio 2009, stante il perdurare delle difficoltà finanziarie, fu annunciata la fusione del Fortuna Sittard con il Roda Kerkrade, squadra di Eredivisie anch'essa con gravi problemi di bilancio[1]. La nuova squadra, che avrebbe preso il nome di FC Limburg avrebbe giocato le partite interne a Kerkrade mentre nello stadio del Fortuna si sarebbero dovuti disputare i match delle selezioni giovanili. A causa delle manifestazioni di protesta da parte dei tifosi, e del rifiuto da parte della provincia del Limburgo di sostenere finanziariamente il nuovo potenziale club, la fusione è stata in seguito annullata[2].
Il 19 maggio 2009 la KNVB ha ritirato al Fortuna Sittard la licenza per disputare il campionato 2009-10 a causa degli eccessivi debiti[3]. Il Fortuna ha però fatto ricorso, e il 17 giugno 2009 il tribunale di Utrecht lo ha accolto imponendo alla KNVB di accettare l'iscrizione della squadra[4].
Dopo più di un decennio dalla sua ultima apparizione e dopo anni di tremende condizioni finanziarie che hanno costretto al club di retrocedere in Eerste Divisie nel 2002-2003, il Fortuna Sittard torna in Eredivisie per la stagione 2018-2019, grazie al secondo posto ottenuto nella Eerste Divisie 2017-2018. L'apice della nuova avventura nella massima serie viene toccato il 16 dicembre 2018, quando il club trionfa, a sorpresa, sul campo del Feyenoord per 2-0. Nonostante una buona parte centrale di campionato, il club viene poi risucchiato in classifica, giungendo in prossimità delle posizioni calde della retrocessione. L'importante vittoria per 2-1 sul fanalino di coda NAC Breda, impegnato appunto nella salvezza, e la sconfitta del turno seguente dell’Excelsior per 3-1 contro l’ADO Den Haag permettono al club di raggiungere la matematica salvezza con due giornate di anticipo. Il Fortuna Sittard conclude, così, al 15º posto in classifica con 34 punti, uno in più dell’Excelsior occupante una delle due posizioni valide per gli spareggi retrocessione.
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