Op 18 mei 2009 werd Ferrara aangesteld als interim-hoofdtrainer bij Juventus na het ontslag van Claudio Ranieri. Een maand later werd dit een definitieve aanstelling als hoofdtrainer. Op 29 januari 2010 werd hij ontslagen als hoofdtrainer en vervangen door Alberto Zaccheroni[1]. De Oude Dame verloor negen van de laatste twaalf wedstrijden onder Ferrara. In oktober van dat jaar volgde hij Pierluigi Casiraghi op als bondscoach van Italië onder 21. In juli 2012 ging hij aan de slag als hoofdtrainer van het net gepromoveerde Sampdoria. Hij werd na zeventien speelronden echter op straat gezet. In juli 2016 vertrok Ferrara naar Wuhan Zall, waar hij tot maart 2017 actief was als hoofdtrainer.