Klub przez większość swojej historii grał w najwyższej klasie rozgrywkowej w Portugalii. Najlepszym rezultatem osiągniętym w Primeira Liga było 5. miejsce w sezonie 1984/85, które dało klubowi jedyną w historii kwalifikację do europejskich pucharów.
Lata dziewięćdziesiąte i początek XXI wieku to głównie gra w Liga de Honra, a także w trzeciej lidze, którą zresztą udało im się wygrać w sezonie 2000/01. Sezon 2009/10 Portimonense rozpoczęło pod wodzą angolańskiego trenera Lito Vidigala, jednak ten w trakcie sezonu odszedł do União Leiria, a drużynę objął były pomocnik Sportingu – Litos. Zespół ukończył zmagania na drugim miejscu, powracając do ekstraklasy po dwudziestu latach nieobecności. W sezonie 2010/11 klub ponownie znalazł się na drugim poziomie ligowym w Liga de Honra.
Q – runda eliminacyjna, 1/16, 1/8, 1/4, 1/2 – odpowiednia faza rozgrywek, Grupa – runda grupowa, 1r gr – pierwsza runda grupowa, 2r gr – druga runda grupowa, F – finał, R – runda, PO – play-off
k. – rzuty karne, los. – losowanie, Dogr. – dogrywka, w. – zasada bramek strzelonych na wyjeździe
French
Deutsch
Partizan 
Ricardo Ferreira 
Maurício Antônio (wypożyczony z Urawa Red Diamonds) 
Emmanuel Hackman 
Fahd Moufi 
Kōki Anzai 
Jafar Salmani 
Denis-Will Poha (wypożyczony z Vitórii SC) 
Lee Seung-woo (wypożyczony z Sint-Truidense VV)