W Pucharze Świata zadebiutował 3 stycznia 1988 podczas konkursu w Innsbrucku, gdzie zajął 115. miejsce. Trzy dni później w Bischofshofen uplasował się na 110. miejscu. Były to jego jedyne starty w sezonie 1987/1988, więc nie został sklasyfikowany w klasyfikacji generalnej. Rok później ponownie wystąpił w Innsbrucku i Bischofshofen, jednak nie wywalczył punktów (w obu przypadkach zajął miejsca w siódmej dziesiątce). W sezonie 1989/1990 po raz pierwszy pojawił się w zawodach PŚ poza Austrią. Nie zdołał jednak zdobyć punktów, a jego najlepszym miejscem była szesnasta pozycja w Innsbrucku (do sezonu 1992/1993 obowiązywała inna punktacja za miejsca w konkursach Pucharu Świata).
Przełom w jego karierze nastąpił w sezonie 1990/1991. W drugim konkursie sezonu, w Lake Placid zajął 8. miejsce, zdobywając pierwsze punkty w karierze. W klasyfikacji końcowej 39. edycjiTurnieju Czterech Skoczni wywalczył piąte miejsce po tym jak zajął dziewiąte miejsce w Oberstdorfie, trzecie w Garmisch-Partenkirchen (pierwsze podium w karierze), szóste w Innsbrucku oraz piąte w Bischofshofen. W tym samym sezonie wziął udział w mistrzostwach świata w Val di Fiemme (1991). W indywidualnych startach był piąty na dużej skoczni (do medalowej pozycji zabrakło mu ok. 7 punktów), a na normalnym obiekcie zajął 22. miejsce. W konkursie drużynowym wspólnie z Heinzem Kuttinem, Ernstem Vettorim i Andreasem Felderem zdobył złoty medal. 24 lutego 1991 Horngacher odniósł swoje pierwsze pucharowe zwycięstwo, wygrywając zawody na skoczni Kulm w Tauplitz. Łącznie pięciokrotnie stawał na podium w tym sezonie (1 zwycięstwo, 3 drugie miejsca i 1 trzecie), co dało mu czwarte miejsce w klasyfikacji generalnej. Zajął też drugie miejsce w klasyfikacji generalnej sezonu 1990/1991Pucharu Świata w lotach.
Sezon 1991/1992 rozpoczął od zajęcia trzeciego miejsca w Thunder Bay (1 grudnia 1991). Punkty zdobył jeszcze następnego dnia, gdy był siódmy, później jednak osiągał coraz słabsze wyniki. W efekcie zajął 29. miejsce w klasyfikacji generalnej. Wystąpił także na mistrzostwach świata w lotach w Harrachovie (1992), gdzie zajął 25. miejsce. W sezonie 1992/1993 w większości startów znajdował się w czołowej dziesiątce, choć tylko raz stanął na podium – 7 marca 1993 zajął drugie miejsce w Lahti, ustępując tylko Ivanowi Lunardiemu. W klasyfikacji generalnej tego sezonu zajął ósme miejsce. W lutym 1993 wziął udział w mistrzostwach świata w Falun, gdzie razem z Vettorim, Kuttinem oraz Andreasem Goldbergerem wywalczył brązowy medal w konkursie drużynowym. W indywidualnych startach był dziewiąty na normalnym obiekcie, a na dużej skoczni zajął trzynaste miejsce.
Po tym sukcesie nastąpił jeden z najsłabszych okresów w karierze Horngachera. W sezonie 1993/1994 zdobywał punkty, jednak jego najlepszym wynikiem było dziesiąte miejsce. Mimo to znalazł się w austriackiej kadrze na igrzyska olimpijskie w Lillehammer w 1994, gdzie wraz z Kuttinem, Goldbergerem i Christianem Moserem zdobył brązowy medal w konkursie drużynowym. W zawodach indywidualnych zajął dwunaste miejsce na normalnej skoczni oraz dziewiętnaste na dużej. W sezonie 1994/1995 w ogóle nie startował w zawodach PŚ. W sezonach 1995/1996 i 1996/1997 sporadycznie zdobywał punkty. Wystąpił jednak na mistrzostwach świata w lotach w Tauplitz (1996), gdzie zajął 29. miejsce oraz na mistrzostwach świata w Trondheim (1997), na których indywidualnie plasował się w połowie drugiej dziesiątki. Na norweskich mistrzostwach Austriacy w składzie: Stefan Horngacher, Martin Höllwarth, Andreas Widhölzl i Andreas Goldberger nie zdobyli medalu w konkursie drużynowym. Zajęli czwarte miejsce po przegranej walce o brązowy medal z Niemcami, do których stracili 4,7 punktu.
W sezonie 1997/1998 zajął 13. miejsce w klasyfikacji generalnej PŚ. Dwukrotnie stawał na podium: raz był drugi i raz trzeci, odpowiednio 20 i 21 grudnia 1997 w Engelbergu. Podczas 46. Turnieju Czterech Skoczni nie znalazł się w czołowej dziesiątce żadnego z konkursów, jednak uzyskane wyniki dały mu ósme miejsce w klasyfikacji końcowej. 25 stycznia 1998 na mistrzostwach świata w lotach w Oberstdorfie był osiemnasty. W tym samym sezonie wystąpił na igrzyskach olimpijskich w Nagano. W konkursach indywidualnych zajął miejsca 10. (skocznia normalna) i 60. (skocznia duża). W konkursie drużynowym był najsłabszym członkiem ekipy austriackiej, która zdobyła jednak brązowy medal.
W sezonie 1998/1999 odniósł swoje drugie i zarazem ostatnie zwycięstwo w PŚ (16 stycznia 1999 na Wielkiej Krokwi w Zakopanem). Oprócz tego jeszcze dwukrotnie stawał na podium, raz na drugim i raz na trzecim miejscu, co pozwoliło mu zająć ósme miejsce w klasyfikacji generalnej. Po tym jak był siedemnasty w Oberstdorfie, szósty w Ga-Pa, piąty w Innsbrucku i siódmy w Bischofshofen zajął siódme miejsce w 47. Turnieju Czterech Skoczni. W tym samym roku odbywały się także mistrzostwa świata w Ramsau, podczas których Horngacher był siódmy na normalnej skoczni, szesnasty na dużej, a razem z Widhölzlem, Höllwarthem i Reinhardem Schwarzenbergerem zdobył brązowy medal w drużynie. W sezonach 1999/2000 i 2000/2001 zajmował ósme miejsce w klasyfikacji generalnej, w obu przypadkach tylko raz zajmując miejsca na podium. Na mistrzostwach świata w lotach w Vikersund (2000) zajął 21. miejsce. W poszczególnych konkursach 49. edycji Turnieju Czterech Skoczni był kolejno szósty, dziewiąty, dwunasty i ponownie szósty, co dało mu piąte miejsce w klasyfikacji końcowej. Miesiąc później odbyły się mistrzostwa świata w Lahti. Wspólnie z Goldbergerem, Höllwarthem i Wolfgangiem Loitzlem zdobył drużynowo dwa medale: brązowy na dużej skoczni oraz złoty na normalnej. W indywidualnych konkursach był czwarty na normalnej skoczni (walkę o brązowy medal przegrał z Höllwarthem) oraz piąty na dużej.
Latem 2001 zajął trzecie miejsce w klasyfikacji generalnej ósmej edycji Letniego Grand Prix, ustępując tylko Adamowi Małyszowi i Goldbergerowi. W sezonie 2001/2002 wystartował w 21 indywidualnych konkursach Pucharu Świata i tylko raz nie zdobył punktów. Pięciokrotnie plasował się w czołowej dziesiątce. 24 stycznia 2002 w Hakubie po raz ostatni stanął na podium PŚ (2. miejsce). Igrzyska olimpijskie w Salt Lake City w lutym 2002 były ostatnią dużą imprezą w jego karierze. Po pierwszej serii skoków na dużej skoczni zajmował dziewiąte miejsce. Udany skok w drugiej kolejce pozwolił mu przesunąć się na piąte miejsce. Na normalnej skoczni zajął 11. miejsce. W konkursie drużynowym Austriacy w składzie Andreas Widhölzl, Stefan Horngacher, Martin Höllwarth i Wolfgang Loitzl nie zdobyli medalu, przegrywając walkę z reprezentantami Słowenii o blisko 20 punktów. W klasyfikacji generalnej sezonu 2001/2002 zajął 12. miejsce. Ostatni oficjalny skok oddał 17 marca 2002 Oslo, gdzie zajął 27. miejsce. Łącznie w przeciągu kariery piętnaście razy stawał na podium zawodów PŚ, w tym dwa razy zwyciężył, osiem razy był drugi i pięć razy trzeci.
Stefan Horngacher po zakończeniu kariery sportowej rozpoczął karierę trenerską. Po zakończeniu kariery zawodniczej zajął się szkoleniem i otrzymał posadę asystenta trenera reprezentacji Austrii. W sezonach 2004/2005 oraz 2005/2006 sprawował funkcję trenera kadry B polskiej reprezentacji. Na Mistrzostwach Świata Juniorów w Rovaniemi (2005) trenowana przez niego polska reprezentacja (Paweł Urbański, Wojciech Topór, Piotr Żyła i Kamil Stoch) wywalczyła srebrny medal w konkursie drużynowym. W 2006 został trenerem niemieckich juniorów. W 2008 był najpierw drugim trenerem kadry B Niemiec, a następnie jej głównym szkoleniowcem. Był także osobistym trenerem Martina Schmitta. Od sezonu 2011/2012 do sezonu 2015/2016 był drugim trenerem w drużynie Wernera Schustera (kadra A). 24 marca 2016 zarząd Polskiego Związku Narciarskiego mianował go na pierwszego trenera reprezentacji Polski, a jego kontrakt ma obowiązywać co najmniej do 1 maja 2018.
25 marca 2018 roku podczas ostatnich zawodów Pucharu Świata w Planicy Prezes PZN Apoloniusz Tajner poinformował, że kontrakt Stefana Horngachera został przedłużony o rok do 1 kwietnia 2019 roku z opcją przedłużenia o kolejny sezon. 24 marca 2019 roku po ostatnim konkursie Pucharu Świata w Planicy poinformował, że nie przedłuży wygasającego kontraktu z Polską.3 kwietnia 2019 został głównym trenerem reprezentacji Niemiec w skokach narciarskich podpisał z Niemieckim związkiem narciarskim 3 letni kontrakt obowiązujący do kwietnia 2022 roku.
W pierwszym roku pracy trenerskiej w Polsce Maciej Kot wygrał Letnie Grand Prix 2016 w skokach narciarskich, a Kamil Stoch zajął trzecie miejsce na koniec tego cyklu. 3 grudnia 2016 w Klingenthal reprezentacja Polski w składzie Piotr Żyła, Kamil Stoch, Dawid Kubacki, Maciej Kot po raz pierwszy w historii wygrała drużynowy konkurs Pucharu Świata. 6 stycznia 2017 Kamil Stoch wygrał Turniej Czterech Skoczni, a Piotr Żyła zajął drugie miejsce w tym turnieju. Maciej Kot skończył rywalizację tuż za podium. Podczas mistrzostw świata w Lahti w 2017 na normalnej skoczni Kamil Stoch zajął 4. miejsce, a Maciej Kot był 5., natomiast na dużej skoczni brązowy medal wywalczył Piotr Żyła. Maciej Kot był 6 w tych zawodach, Kamil Stoch 7., a Dawid Kubacki 8. 4 marca 2017 roku reprezentacja Polski w składzie Piotr Żyła, Dawid Kubacki, Maciej Kot i Kamil Stoch zdobyła pierwszy w historii złoty medal MŚ w drużynie. W marcu Kamil Stoch zajął 2. miejsce w klasyfikacji Raw Air 2017. W sezonie 2016/2017 reprezentacja Polski po raz pierwszy w historii zdobyła Puchar Narodów, a Kamil Stoch zajął 2. miejsce w klasyfikacji końcowej Pucharu Świata.
Latem 2017 Dawid Kubacki wygrał Letnie Grand Prix 2017. Sezon zimowy rozpoczął się zawodami na skoczni narciarskiej im. Adama Małysza w Wiśle od rywalizacji drużynowej, gdzie reprezentacja kraju zajęła drugie miejsce. Drugi indywidualnie w Wiśle był także Kamil Stoch. Stochowi praktycznie do końca roku 2017, chociaż dość regularnie plasował się w czołówce zarówno kolejnych konkursów, jak i całego PŚ, nie udawało się wygrać zawodów i regularnie tracił punkty do liderów klasyfikacji. Sytuacja ta odwróciła się w 66. Turniej Czterech Skoczni, gdzie Kamil Stoch wygrał wszystkie cztery konkursy indywidualne i został także liderem klasyfikacji generalnej. Kamil Stoch wygrywając wszystkie cztery konkursy TCS wyrównał tym samym osiągnięcie Svena Hannawalda sprzed szesnastu lat, który dotąd jako jedyny dokonał tego w jednym sezonie, z tym, że Polak swój sukces osiągnął ponadto broniąc pierwszego miejsca w całym turnieju. 6 stycznia 2018 został nagrodzony tytułem Trenera Roku 2017 w ramach 83. Plebiscytu Przeglądu Sportowego. 20 stycznia na MŚ w lotach narciarskich w Oberstdorfie, podopieczny Stefana Horngachera, Kamil Stoch wywalczył srebrny medal w rywalizacji indywidualnej.Natomiast dzień później reprezentacja Polski w składzie: Piotr Żyła, Stefan Hula, Dawid Kubacki i Kamil Stoch wywalczyła brązowy medal w rywalizacji drużynowej. Na igrzyskach olimpijskich w Pjongczangu w konkursie indywidualnym na normalnej skoczni w czołowej dziesiątce uplasowali się kolejno na 4. i 5. miejscu Kamil Stoch i Stefan Hula. W konkursie indywidualnym na dużej skoczni złoty medal olimpijski zdobył Kamil Stoch, a Dawid Kubacki był 10. Dwa dni później odbył się konkurs drużynowy, gdzie reprezentacja Polski zdobyła pierwszy, historyczny medal olimpijski w tej konkurencji, a mianowicie brąz. Doprowadził w sezonie 2017/2018 Kamila Stocha do zdobycia Pucharu Świata i wygrania prestiżowego norweskiego turnieju Raw Air.
Piotr Żyła zajął 3. miejsce w Letnim Grand Prix 2018, a Kamil Stoch zajął w tej klasyfikacji 4. miejsce. Reprezentacja Polski zajęła 1. miejsce w klasyfikacji drużynowej, uzyskując łącznie 1925 punktów[17].
Sukcesy podopiecznych Horngachera w Polsce w latach 2016–2019 (chronologicznie)
French
Deutsch
Lillehammer 
Nagano/Hakuba 
Salt Lake City/Park City 
Val di Fiemme/Predazzo 
Falun 
Ramsau 
Lahti 
Harrachov 
Oberstdorf 
Zakopane 
Planica 
Thunder Bay 
Engelberg 
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
Schönwald – 29 lutego 1992 (1. miejsce)
Chamonix – 7 marca 1992 (1. miejsce)
Le Brassus – 8 marca 1992 (5. miejsce)
Wörgl – 10 stycznia 1993 (1. miejsce)
Lillehammer – 3 grudnia 1994 (4. miejsce)
Jyväskylä – 15 grudnia 1994 (5. miejsce)
.svg){kind=small}
.jpg)