Nilsson fostrades i BK Fram i Landskrona, och karriären fortsatte i Malmö FF. Nilssons debut i allsvenskan skedde 8 juni 1987 mot Örgryte IS och han gjorde dessutom mål i segermatchen som slutade 7-3 på Ullevi.[1]
Säsongen därpå var den vänsterfotade yttermittfältaren Nilsson given i startelvan, och gjorde stor succé med sin tekniska spelstil under MFF:s storhetsperiod med Roy Hodgson som tränare, och blev svensk mästare 1988. 31 mars samma år debuterade Nilsson också i det svenska A-landslaget mot Västtyskland. Nilsson deltog även i det svenska landslaget som slutade på en femte plats i OS 1988.[2]
Malmö FF blev återigen seriesegrare i allsvenskan 1989, och vann även den svenska cupfinalen samma år där Nilsson gjorde 1–0-målet. När vårsäsongen var slut 1990 skulle Nilsson lämna Malmö FF för att spela i spanska Sporting de Gijón. Han startade i alla tre gruppspelsmatcherna i VM 1990. Tommy Svensson tog över som förbundskapten och Nilsson var med i truppen till EM 1992, och fick starta i semifinalen mot Tyskland, vilket också blev hans 26:e och sista landskamp.[3]
Efter spanska Gijon, avslutades karriären i Landskrona BoIS. 1993 bidrog han till BoIS allsvenska avancemang, men en korsbandsskada gjorde att karriären tog slut och han lämnade fotbollen.
Efter några år som tränare i Härslöv, Asmundtorp, Glumslöv och Höllviken blev Nilsson mer aktiv i fotbollen igen, och arbetade som koordinator i MFF:s ungdomssektion, samt instruktör på Landskrona BoIS fotbollsakademi.[4][5][6][7]