因曾為宋、元时邮递交接處和往返馬匹歇息地,故其中一橋名为馬公橋,镇以橋名命名。
1949年更命名为馬镇鄉。1957年北渚、河北、璜东三鄉併入。後改公社,駐地北渚。1974年迁駐馬公橋。1983年復為鄉,1991年改為鎮。2007年和璜塘鎮、峭岐鎮等合併,且更名為徐霞客镇。
馬鎮是明代地理學家徐霞客的故鄉,境内有徐霞客故居和晴山堂石刻等全国重点文物保护单位。