Відразу ж після приходу до влади усунув свого найближчого конкурента — Юстина, сина Германа.[1] Потім робив заходи з підвищення своєї популярності. Попри важке становище скарбниці, пробачив нестачі. Потім розпорядився спалити всі розписки лихварів і відібрати у них всі застави. Намагався примирити православних з монофізитами, але марно. Припинив відкрите заступництво венетам (цирковій партії «зелених»). Проводив широке будівництво в Константинополі.
У зовнішніх справах Юстин не мав успіху. Якщо на Сході вдавалося утримувати персів загалом в колишніх межах, то на Заході велика частина завоювань Юстиніана була втрачена. Італія (окрім частини узбережжя) була захоплена лангобардами. Втрачено було багато міст в Іспанії та Північній Африці.
Останніми роками життя бездітний Юстин, хворий на психічну хворобу, за порадою дружини Елії Софії призначив співправителем і наступником воєначальника Тиберія Констянтина.