Мітохондріальна ДНК — Вікіпедія

Схема мітохондріальної ДНК людини
Ілюстрація розташування мітохондріальної ДНК у клітинах людини

Мітохондріальна ДНК або мтДНК — кільцева молекула ДНК, локалізована в мітохондріях, цитоплазматичних органелах більшості клітин еукаріотів, що мають вигляд ниткоподібних або гранулярних утворень[1]. Локалізація мтДНК відрізняється від локалізації більшості ДНК еукаріотів, розташованої в ядрах клітин. Часто стверджується, що мітохондріальна ДНК успадковується тільки по материнській лінії, але 2018 року були знайдені 17 осіб із 3 сімей, які успадкували мтДНК від обох батьків[2][3][4].

Мітохондріальна ДНК людини[en] стала першою значною частиною людського геному, що вдалося секвенувати.[5] Це секвенування показало, що мтДНК людини включає 16569 пар основ і кодує 13 білків.

Еволюція мтДНК

[ред. | ред. код]

На відміну від більшості генетичних продуктів, які закодовано у ядерній ДНК, частина генетичних продуктів мітохондрій кодується її власною ДНК, яка на ранніх стадіях еволюції життя на Землі еволюціонувала окремо. Мітохондріальна ДНК, як і ДНК пластид, була отримана клітинами стародавніх еукаріотів від бактерій (у випадку мтДНК — альфа-протеобактерій) в результаті ендосимбіозу.

Будова і різноманітність геному

[ред. | ред. код]

В усіх організмах існує шість основних видів мітохондріального геному, класифікованих за будовою, розміром, наявністю інтронів або плазмідоподібних структур, а також за тим, чи є генетичний матеріал окремою молекулою або ж сукупністю гомогенних чи гетерогенних[en] молекул.[6]

У багатьох одноклітинних організмів (наприклад, війчаста Tetrahymena(інші мови) і зелена водорість Chlamydomonas reinhardtii), а в окремих випадках і у багатоклітинних (як-то у деяких видів кнідарій), мтДНК є лінійною ДНК. Більшість з цих лінійних мтДНК мають незалежні від теломерази теломери (тобто кінці лінійної ДНК) з різними способами реплікації, що робить їх цікавими предметами досліджень, оскільки багато з цих одноклітинних організмів з лінійною мтДНК є відомими патогенами.[7]

Тип геному[6] Царство Інтрони Розміри Вигляд Опис
1 Тварини Ні 11 000–28 000 п.о. Кільцовий Одиночна молекула
2 Гриби, Рослини, Протисти Так 19 000–1 млн п.о. Кільцовий Одиночна молекула
3 Гриби, Рослини, Протисти Ні 20 000–1 млн п.о. Кільцовий Великомолекулярні та малі плазмідоподібні структури
4 Протисти Ні 1000–200 000 п.о. Кільцовий Сукупність неоднорідних молекул
5 Гриби, Рослини, Протисти Ні 1000–200 000 п.о. Лінійний Сукупність однорідних молекул
6 Протисти Ні 1000–200 000 п.о. Лінійний Сукупність неоднорідних молекул

У тварин

[ред. | ред. код]

Більшість (двобічносиметричних) тварин мають кільцевий мітохондріальний геном. Однак у кладах медуз і вапнякових губок є види з лінійними мітохондріальними хромосомами.[8] За деякими винятками, мітохондріальна ДНК тварин має 37 генів: 13 генів білків, 22 генів тРНК і 2 гени рРНК.[9]

Мітохондріальні геноми тварин мають довжину в середньому близько 16 000 пар основ.[9] Найдовший мітохондріальний геном серед усіх тварин має церіантарія[en] Isarachnanthus nocturnus — 80 923 пар основ.[10] Найкоротший же відомий мітохондріальний геном серед тварин належить реброплаву Vallicula multiformis, який складається з 9961 пар основ.[11]

У лютому 2020 року було виявлено паразитичний вид анаеробних кнідарій, Henneguya salminicola, у якого відсутній мітохондріальний геном, але зберігаються структури, які, ймовірно, є похідними від мітохондрій. Більш того, гени ядерної ДНК, що беруть участь в аеробному диханні, реплікації і транскрипції мітохондріальної ДНК, або є геть відсутніми, або ж присутні тільки у вигляді псевдогенів. Це перший відомий багатоклітинний організм, у якого відсутнє аеробне дихання і живе зовсім без залежності від кисню.[12][13]

У рослин і грибів

[ред. | ред. код]

У рослин і грибів існує три різних типи мітохондріальних геномів.

У протистів

[ред. | ред. код]

Протисти містять найрізноманітніші мітохондріальні геноми, у цьому царстві знайдено п’ять різних типів.

Найкоротший мітохондріальний геном, секвенований на сьогоднішній день, — це мтДНК паразита Plasmodium falciparum розміром 5967 пар основ.[14][15]

Ендосимбіотичне перенесення генів, процес, за допомогою якого гени, закодовані в мітохондріальному геномі, передаються в основний геном клітини, ймовірно, пояснює, чому складніші організми, такі як люди, мають коротші мітохондріальні геноми, ніж простіші організми, такі як протисти.

мтДНК евгленових

[ред. | ред. код]

Мітохондрії протистів типу евгленові мають низку особливостей, які відрізняють їх від органел інших ядерних організмів. Зокрема їхня мітохондріальна ДНК має нестандартну структуру.

У диплонеміди Diplonema papillatum розмір мітохондріального геному є дуже великим, порівняним із таким у багатоклітинних тварин, близько 500—600 тисяч пар основ. На відміну від більшості ядерних організмів, у яких наявна одна кільцева молекула мітохондріальної ДНК, у Diplonema papillatum наявно більше 80 невеликих кільцевих ДНК розміром 6 (так званого «класу А») або 7 («клас Б») тисяч пар нуклеотидів, причому мітохондріальні гени розділені на декілька (від 2 до 11) модулів, у 40-550 пар нуклеотидів кожен. [16]

Кожна з цих кільцевих ДНК має характерну структуру: кодуючий фрагмент оточений з двох боків приблизно 50-нуклеотидною унікальною послідовністю, утворюючи «касету», а інша частина молекули складається з повторів, причому навколо цієї «касети» знаходиться ділянка близько 1-3 тисячі пар основ, яка є спільною для молекул одного класу, а на протилежній ділянці кільця є спільна для всіх молекул послідовність з 2,5 тисяч пар нуклеотидів. Зчитування кодуючих фрагментів призводить до появи багатьох коротких пре-мРНК, які надалі методом транс-сплайсингу[en] об'єднуються в зрілі мРНК, що відповідають 12 генам білків дихального ланцюга, ферментам окисного фосфорилювання, рибосомних білків та двох рибосомних РНК. Транспортні РНК у мітохондріальній ДНК не закодовані, імпортуються з цитоплазми. Виявлено також 6 додаткових відкритих рамок зчитування з невідомими функціями. Молекулярний механізм транс-сплайсингу в Diplonema papillatum невідомий.[17]

Крім транс-сплайсингу, в мітохондріях Diplonema papillatum відбувається активне редагування РНК. Більшість транскриптів проходить через додавання урацилів, які додаються в кількості від 1 до 26, часто — в кінці фрагментів пре-мРНК. У 2016 році виявлено два інші процеси редагування РНК: заміни цитидина на уридин та, вперше для мітохондрій, заміни аденозина на інозин. Найбільше таких замін виявилося в РНК субодиниці 4 НАДН-дегідрогенази та рибосомній РНК малої субодиниці мітохондріальної рибосоми. Механізми редагування поки невідомі.[17]

Реплікація

[ред. | ред. код]

Мітохондріальна ДНК реплікується гамма-комплексом ДНК-полімерази, який складається з каталітичної ДНК-полімерази масою 140 кілодальтонів (кДа), кодованої геном POLG, і двох додаткових субодиниць масою 55 кДа, кодованих геном POLG2. Реплісомний апарат утворений ДНК-полімеразою, білком TWINKLE[en] і мітохондріальними білками SSB[en]. TWINKLE є геліказою, що розкручує короткі ділянки дволанцюжкової ДНК у напрямку від 5' до 3'. Усі ці поліпептиди закодовані в ядерному геномі.

Під час ембріогенезу реплікація мтДНК від заплідненої яйцеклітини до передімплантаційного ембріона сильно пригнічується[18]. Отримуване зниження кількості копій мтДНК на одну клітину відіграє роль у вузькому місці мітохондрій, використовуючи міжклітинну мінливість[en] для посилення стійкості до успадкування шкідливих мутацій.[19] За словами Джастіна Сент-Джона і його колег: «На стадії бластоцисти початок реплікації мтДНК притаманне клітинам трофектодерми.[18] Навпаки, клітини внутрішньої клітинної маси обмежують реплікацію мтДНК допоки вони не отримають сигнали для диференціювання у певні види клітин.»[18]

Мітохондріальна ДНК людини з 37 генами на відповідних H- і L-нитках

Гени мтДНК людини та їхня транскрипція

[ред. | ред. код]
Докладніше: Мітохондріальна генетика людини
Схематична каріограма, що показує геном людини з 23 парами хромосом, а також мітохондріальний геном (у масштабі внизу зліва, з позначкою «MT»). Його геном відносно малий порівняно з іншими, а кількість копій на людську клітину варіюється від 0 (еритроцити)[20] до 1 500 000 (овоцит).[21]

Мітохондріальна ДНК людини може розглядатись як найменша хромосома організму, що складається з 5 — 10 ідентичних копій ДНК, які несуть 16 568 пар основ з 37 генами та відповідають за біосинтез 13 білків і 22 тРНК. Така коротка нуклеотидна послідовність мтДНК кодує лише незначну частину всіх білків і РНК, що містяться в мітохондріях.

Дві нитки мітохондріальної ДНК людини розрізняють на важку і легку. Тяжка нитка багата гуаніном і кодує 12 субодиниць системи окисного фосфорилювання, дві рибосомні РНК (12S і 16S) і 14 транспортних РНК (тРНК). Легка нитка кодує одну субодиницю та 8 тРНК. Отже, всього мтДНК кодує дві рРНК, 22 тРНК і 13 білкових субодиниць, кожна з котрих бере участь в окисному фосфорилюванні.[22][23]

37 генів мітохондріальної ДНК людини та їхнє розташування згідно з Кембриджською еталонною послідовністю[24]
Ген Тип Продукт Положення
в мітогеномі 		Нитка
MT-ATP8 кодування білка АТФ-синтаза, Fo субодиниця 8 (комплекс V) 08,366–08,572 (перекриваються з MT-ATP6) Важка
MT-ATP6 кодування білка АТФ-синтаза, Fo субодиниця 6 (комплекс V) 08,527–09,207 (перекриваються з MT-ATP8) Важка
MT-CO1 кодування білка Цитохром с-оксидаза, субодиниця 1 (комплекс IV) 05,904–07,445 Важка
MT-CO2 кодування білка Цитохром с-оксидаза, субодиниця 2 (комплекс IV) 07,586–08,269 Важка
MT-CO3 кодування білка Цитохром с-оксидаза, субодиниця 3 (комплекс IV) 09,207–09,990 Важка
MT-CYB кодування білка Цитохром b (комплекс III) 14,747–15,887 Важка
MT-ND1 кодування білка НАДН-дегідрогеназа, субодиниця 1 (комплекс I) 03,307–04,262 Важка
MT-ND2 кодування білка НАДН-дегідрогеназа, субодиниця 2 (комплекс I) 04,470–05,511 Важка
MT-ND3 кодування білка НАДН-дегідрогеназа, субодиниця 3 (комплекс I) 10,059–10,404 Важка
MT-ND4L кодування білка НАДН-дегідрогеназа, субодиниця 4L (комплекс I) 10,470–10,766 (перекриваються з MT-ND4) Важка
MT-ND4 кодування білка НАДН-дегідрогеназа, субодиниця 4 (комплекс I) 10,760–12,137 (перекриваються з MT-ND4L) Важка
MT-ND5 кодування білка НАДН-дегідрогеназа, субодиниця 5 (комплекс I) 12,337–14,148 Важка
MT-ND6 кодування білка НАДН-дегідрогеназа, субодиниця 6 (комплекс I) 14,149–14,673 Легка
MT-RNR2 кодування білка Гуманін — —
MT-TA транспортна РНК тРНК-аланін (Ala або A) 05,587–05,655 Легка
MT-TR транспортна РНК тРНК-аргінін (Arg або R) 10,405–10,469 Важка
MT-TN транспортна РНК тРНК-аспарагін (Asn або N) 05,657–05,729 Легка
MT-TD транспортна РНК тРНК-аспарагінова кислота (Asp або D) 07,518–07,585 Важка
MT-TC транспортна РНК тРНК-цистеїн (Cys або C) 05,761–05,826 Легка
MT-TE транспортна РНК тРНК-глутамінова кислота (Glu або E) 14,674–14,742 Легка
MT-TQ транспортна РНК тРНК-глутамін (Gln або Q) 04,329–04,400 Легка
MT-TG транспортна РНК тРНК-гліцин (Gly або G) 09,991–10,058 Важка
MT-TH транспортна РНК тРНК-гістидин (His або H) 12,138–12,206 Важка
MT-TI транспортна РНК тРНК-ізолейцин (Ile або I) 04,263–04,331 Важка
MT-TL1 транспортна РНК тРНК-лейцин (Leu-UUR або L) 03,230–03,304 Важка
MT-TL2 транспортна РНК тРНК-лейцин (Leu-CUN або L) 12,266–12,336 Важка
MT-TK транспортна РНК тРНК-лізин (Lys або K) 08,295–08,364 Важка
MT-TM транспортна РНК тРНК-метіонін (Met або M) 04,402–04,469 Важка
MT-TF транспортна РНК тРНК-фенілаланін (Phe або F) 00,577–00,647 Важка
MT-TP транспортна РНК тРНК-пролін (Pro або P) 15,956–16,023 Легка
MT-TS1 транспортна РНК тРНК-серин (Ser-UCN або S) 07,446–07,514 Легка
MT-TS2 транспортна РНК тРНК-серин (Ser-AGY або S) 12,207–12,265 Важка
MT-TT транспортна РНК тРНК-треонін (Thr або T) 15,888–15,953 Важка
MT-TW транспортна РНК тРНК-триптофан (Trp або W) 05,512–05,579 Важка
MT-TY транспортна РНК тРНК-тирозин (Tyr або Y) 05,826–05,891 Легка
MT-TV транспортна РНК тРНК-валін (Val або V) 01,602–01,670 Важка
MT-RNR1 рибосомальна РНК Мала субодиниця: SSU (12S) 00,648–01,601 Важка
MT-RNR2 рибосомальна РНК Велика субодиниця: LSU (16S) 01,671–03,229 Важка

Між більшістю (але не всіма) областями, що кодують білки, є присутньою тРНК (див. мапу мітохондріального геному людини). Під час транскрипції тРНК набуває властивої L-подоби, яка розпізнається і розщеплюється специфічними ферментами. Внаслідок процесингу мітохондріальної РНК окремі послідовності мРНК, рРНК і тРНК вивільняються з первинного транскрипту.[25] Так, згорнуті тРНК діють як своєрідні розділові знаки (т.з. геномна пунктуація) вторинної структури.[26]

Застосування в еволюційній біології і систематиці

[ред. | ред. код]

Мітохондріальна ДНК зберігається в усіх еукаріотичних організмах, а власне мітохондрії відіграють критичну роль у клітинному диханні. Однак через менш ефективне відновлення ДНК (порівняно з ядерною ДНК) мітохондріальна має відносно високу частоту мутацій (хоча повільніша за інші ділянки ДНК, як-то мікросателіти), що робить її корисною для вивчення еволюційних взаємин — філогенії — організмів. Біологи можуть визначати, а потім порівнювати послідовності мтДНК різних видів та використовувати висліди порівнянь задля побудови еволюційного дерева для вивчених видів.

Наприклад, хоча більшість ядерних генів[en] у людей і шимпанзе майже тотожні, їхні мітохондріальні геноми розрізняються на 9,8 %. Мітохондріальні геноми людини і горили розрізняються на 11,8 %, що дозволяє припустити, що люди можуть бути тісніше пов'язані з шимпанзе, ніж з горилами.[27]

мтДНК в ядерній ДНК

[ред. | ред. код]

Повні геномні послідовності 66 083 людей показали, що більшість із них мали мітохондріальну ДНК, вставлену в їхні ядерні геноми. Понад 90 % цих ядерних мітохондріальних вставок[en] з'явилися вже після виділення людини як окремий рід серед приматів. Дослідження вказують, що подібні зміщення відбуваються з частотою один раз на кожні 4000 народжених людей.[28][29]

Схоже, що органелярна ДНК набагато частіше переноситься на ядерну ДНК, ніж вважалося раніше. Це спостереження також підтверджує ідею теорії ендосімбіонтів про те, що органели еукаріотів походять від ендосімбіонтів, більша частина ДНК яких була перенесена в ядро клітини, внаслідок чого власний геном органел скоротився[30].

Історія відкриття

[ред. | ред. код]

Мітохондріальну ДНК відкрили в 1960-х роках Марґіт Насс і Сільван Насс за допомогою електронної мікроскопії у вигляді чутливих до ДНКази ниток усередині мітохондрій[31]. Також до відкриття долучились Еллен Гаслбруннер, Ганс Таппі[en] та Ґоттфрід Шац[en] за допомогою біохімічних аналізів високоочищених фракцій[32].

Бази даних мітохондріальних послідовностей

[ред. | ред. код]

Було створено кілька спеціалізованих баз даних для збирання послідовностей мітохондріального геному. Хоча більшість з них зосереджена на даних про послідовності, деякі з них містять філогенетичну або функціональну інформацію.

  • AmtDB: база даних мітохондріальних геномів стародавніх людей.[33]
  • InterMitoBase: анотована база даних та платформа розбору міжбілкових взаємодій мітохондрій людини.[34] (востаннє оновлено 2010 року)
  • MitoBreak: база даних точок розриву мітохондріальної ДНК.[35]
  • MitoFish та MitoAnnotator: база даних мітохондріального генома риб.[36][37]
  • Mitome: база даних для порівняльної мітохондріальної геноміки багатоклітинних тварин.[38] (більше недоступно)
  • MitoRes: ресурс кодованих в ядрі мітохондріальних генів і їхніх продуктів у багатоклітинних тварин.[39] (давно не оновлюване)
  • MitoSatPlant: база даних мітохондріальних мікросателітів підцарства зелених рослин.[40]
  • MitoZoa 2.0: база даних для порівняльного й еволюційного розбору мітохондріальних геномів царства тварин.[41] (більше недоступно)

Примітки

[ред. | ред. код]
  1. ↑ Wiesner RJ, Ruegg JC, Morano I (1992). Counting target molecules by exponential polymerase chain reaction, copy number of mitochondrial DNA in rat tissues. Biochim Biophys Acta. 183 (2): 553—559. doi:10.1016/0006-291X(92)90517-O. PMID 1550563.
  2. ↑ Shiyu Luo, C. Alexander Valencia, Jinglan Zhang, Ni-Chung Lee, Jesse Slone, Baoheng Gui, Xinjian Wang, Zhuo Li, Sarah Dell, Jenice Brown, Stella Maris Chen, Yin-Hsiu Chien, Wuh-Liang Hwu, Pi-Chuan Fan, Lee-Jun Wong, Paldeep S. Atwal, Taosheng Huang (2018). Biparental Inheritance of Mitochondrial DNA in Humans. Proceedings of the National Academy of Sciences. doi:10.1073/pnas.1810946115. PMID 30478036.
  3. ↑ Wu, Katherine J. (26 November 2018). Not Your Mom’s Genes: Mitochondrial DNA Can Come from Dad. Nova[en]. Архів оригіналу за 4 грудня 2018. Процитовано 4 грудня.
  4. ↑ O'Grady, Cathleen (28 November 2018). Plot twist: Mitochondrial DNA can come from both parents. Ars Technica. Архів оригіналу за 4 грудня 2018. Процитовано 4 грудня.
  5. ↑ (англ.) Anderson S, Bankier AT, Barrell BG, de Bruijn MH, Coulson AR, Drouin J, Eperon IC, Nierlich DP, Roe BA, Sanger F, Schreier PH, Smith AJ, Staden R, Young IG (Квітень 1981). Sequence and organization of the human mitochondrial genome. Nature. 290 (5806): 457—465. Bibcode:1981Natur.290..457A. doi:10.1038/290457a0. PMID 7219534. S2CID 4355527. {{cite journal}}: Недійсний |display-authors=6 (довідка)
  6. ↑ а б (англ.) Kolesnikov AA, Gerasimov ES (Грудень 2012). Diversity of mitochondrial genome organization. Biochemistry. Biokhimiia. 77 (13): 1424—1435. doi:10.1134/S0006297912130020. PMID 23379519. S2CID 14441187.
  7. ↑ (англ.) Nosek J, Tomáska L, Fukuhara H, Suyama Y, Kovác L (Травень 1998). Linear mitochondrial genomes: 30 years down the line. Trends in Genetics. 14 (5): 184—188. doi:10.1016/S0168-9525(98)01443-7. PMID 9613202.
  8. ↑ (англ.) Lavrov DV, Pett W (Вересень 2016). Animal Mitochondrial DNA as We Do Not Know It: mt-Genome Organization and Evolution in Nonbilaterian Lineages. Genome Biology and Evolution. 8 (9): 2896—2913. doi:10.1093/gbe/evw195. PMC 5633667. PMID 27557826.
  9. ↑ а б (англ.) Boore, J. L. (1 квітня 1999). Animal mitochondrial genomes. Nucleic Acids Research. 27 (8): 1767—1780. doi:10.1093/nar/27.8.1767. PMC 148383. PMID 10101183.
  10. ↑ (англ.) Stampar SN, Broe MB, Macrander J, Reitzel AM, Brugler MR, Daly M (April 2019). Linear Mitochondrial Genome in Anthozoa (Cnidaria): A Case Study in Ceriantharia. Scientific Reports. 9 (1): 6094. Bibcode:2019NatSR...9.6094S. doi:10.1038/s41598-019-42621-z. PMC 6465557. PMID 30988357.
  11. ↑ (англ.) Polymorphism within the mitochondrial genome of the ctenophore, Pleurobrachia bachei and its ongoing rapid evolution - bioRxiv
  12. ↑ (англ.) Yahalomi D, Atkinson SD, Neuhof M, Chang ES, Philippe H, Cartwright P, Bartholomew JL, Huchon D (Березень 2020). A cnidarian parasite of salmon (Myxozoa: Henneguya) lacks a mitochondrial genome. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 117 (10): 5358—5363. Bibcode:2020PNAS..117.5358Y. doi:10.1073/pnas.1909907117. PMC 7071853. PMID 32094163. {{cite journal}}: Недійсний |display-authors=6 (довідка)
  13. ↑ Шаблон:Ref-en-gbStarr M (25 лютого 2020). Scientists Find The First-Ever Animal That Doesn't Need Oxygen to Survive. ScienceAlert. Архів оригіналу за 25 лютого 2020. Процитовано 25 лютого 2020.
  14. ↑ (англ.) Mitochondrial DNA (mtDNA) (PDF). Integrated DNA Technologies. Архів оригіналу (PDF) за 29 липня 2016. Процитовано 25 лютого 2016.
  15. ↑ (англ.) Tyagi S, Pande V, Das A (Лютий 2014). Whole mitochondrial genome sequence of an Indian Plasmodium falciparum field isolate. The Korean Journal of Parasitology. 52 (1): 99—103. doi:10.3347/kjp.2014.52.1.99. PMC 3949004. PMID 24623891.
  16. ↑ (англ.) Faktorová, Drahomíra; Dobáková, Eva; Peña-Diaz, Priscila; Lukeš, Julius (2016). From simple to supercomplex: mitochondrial genomes of euglenozoan protists. F1000Research. 5: 392. doi:10.12688/f1000research.8040.2. ISSN 2046-1402.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
  17. ↑ а б (англ.) Moreira, Sandrine; Valach, Matus; Aoulad-Aissa, Mohamed; Otto, Christian; Burger, Gertraud (2016). Novel modes of RNA editing in mitochondria. Nucleic Acids Research. 44 (10): 4907—4919. doi:10.1093/nar/gkw188. ISSN 0305-1048.
  18. ↑ а б в (англ.) St John JC, Facucho-Oliveira J, Jiang Y, Kelly R, Salah R (2010). Mitochondrial DNA transmission, replication and inheritance: a journey from the gamete through the embryo and into offspring and embryonic stem cells. Human Reproduction Update. 16 (5): 488—509. doi:10.1093/humupd/dmq002. PMID 20231166.
  19. ↑ Johnston IG, Burgstaller JP, Havlicek V, Kolbe T, Rülicke T, Brem G та ін. (June 2015). Stochastic modelling, Bayesian inference, and new in vivo measurements elucidate the debated mtDNA bottleneck mechanism. eLife. 4: e07464. arXiv:1512.02988. doi:10.7554/eLife.07464. PMC 4486817. PMID 26035426.
  20. ↑ (англ.) Shuster RC, Rubenstein AJ, Wallace DC (Вересень 1988). Mitochondrial DNA in anucleate human blood cells. Biochemical and Biophysical Research Communications. 155 (3): 1360—1365. doi:10.1016/s0006-291x(88)81291-9. PMID 3178814.
  21. ↑ (англ.) Zhang D, Keilty D, Zhang ZF, Chian RC (Березень 2017). Mitochondria in oocyte aging: current understanding. Facts, Views & Vision in ObGyn. 9 (1): 29—38. PMC 5506767. PMID 28721182.
  22. ↑ (англ.) Barshad G, Marom S, Cohen T, Mishmar D (Вересень 2018). Mitochondrial DNA Transcription and Its Regulation: An Evolutionary Perspective. Trends in Genetics. 34 (9): 682—692. doi:10.1016/j.tig.2018.05.009. PMID 29945721. S2CID 49430452.
  23. ↑ (англ.) Barchiesi A, Vascotto C (Травень 2019). Transcription, Processing, and Decay of Mitochondrial RNA in Health and Disease. International Journal of Molecular Sciences. 20 (9): 2221. doi:10.3390/ijms20092221. PMC 6540609. PMID 31064115.
  24. ↑ (англ.) Homo sapiens mitochondrion, complete genome. «Revised Cambridge Reference Sequence (rCRS): accession NC_012920» [Архівовано 6 квітня 2020 у Wayback Machine.], National Center for Biotechnology Information. Перевірено 20 лютого 2017 року.
  25. ↑ (англ.) Falkenberg M, Larsson NG, Gustafsson CM (19 червня 2007). DNA replication and transcription in mammalian mitochondria. Annual Review of Biochemistry. 76 (1): 679—699. doi:10.1146/annurev.biochem.76.060305.152028. PMID 17408359.
  26. ↑ (англ.) Ojala D, Montoya J, Attardi G (Квітень 1981). tRNA punctuation model of RNA processing in human mitochondria. Nature. 290 (5806): 470—474. Bibcode:1981Natur.290..470O. doi:10.1038/290470a0. PMID 7219536. S2CID 4323371.
  27. ↑ (англ.) Xu X, Arnason U (Травень 1996). A complete sequence of the mitochondrial genome of the western lowland gorilla. Molecular Biology and Evolution. 13 (5): 691—698. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a025630. PMID 8676744. Архів оригіналу за 4 серпня 2020. Процитовано 3 лютого 2020.
  28. ↑ (англ.) Wei W, Schon KR, Elgar G, Orioli A, Tanguy M, Giess A, Tischkowitz M, Caulfield MJ, Chinnery PF (Листопад 2022). Nuclear-embedded mitochondrial DNA sequences in 66,083 human genomes. Nature. 611 (7934): 105—114. Bibcode:2022Natur.611..105W. doi:10.1038/s41586-022-05288-7. PMC 9630118. PMID 36198798. {{cite journal}}: Недійсний |display-authors=6 (довідка)
  29. ↑ (укр.) Мітохондріальна ДНК не відповідає загальній теорії / zbruc.eu
  30. ↑ (англ.) Wei W, Schon KR, Elgar G, Orioli A, Tanguy M, Giess A, Tischkowitz M, Caulfield MJ, Chinnery PF (Листопад 2022). Nuclear-embedded mitochondrial DNA sequences in 66,083 human genomes. Nature. 611 (7934): 105—114. Bibcode:2022Natur.611..105W. doi:10.1038/s41586-022-05288-7. PMC 9630118. PMID 36198798. {{cite journal}}: Недійсний |display-authors=6 (довідка)
  31. ↑ (англ.) Nass MM, Nass S (Грудень 1963). Intramitochondrial Fibers with DNA Characteristics. The Journal of Cell Biology. 19 (3): 593—611. doi:10.1083/jcb.19.3.593. PMC 2106331. PMID 14086138.
  32. ↑ (англ.) Schatz G, Haslbrunner E, Tuppy H (Березень 1964). Deoxyribonucleic acid associated with yeast mitochondria. Biochemical and Biophysical Research Communications. 15 (2): 127—132. doi:10.1016/0006-291X(64)90311-0. PMID 26410904.
  33. ↑ (англ.) Ehler E, Novotný J, Juras A, Chylenski M, Moravcík O, Paces J (Січень 2019). AmtDB: a database of ancient human mitochondrial genomes. Nucleic Acids Research. 47 (D1): D29—D32. doi:10.1093/nar/gky843. PMC 6324066. PMID 30247677.
  34. ↑ (англ.) Gu Z, Li J, Gao S, Gong M, Wang J, Xu H, Zhang C, Wang J (Червень 2011). InterMitoBase: an annotated database and analysis platform of protein-protein interactions for human mitochondria. BMC Genomics. 12: 335. doi:10.1186/1471-2164-12-335. PMC 3142533. PMID 21718467. {{cite journal}}: Недійсний |display-authors=6 (довідка)
  35. ↑ (англ.) Damas J, Carneiro J, Amorim A, Pereira F (Січень 2014). MitoBreak: the mitochondrial DNA breakpoints database. Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D1261—D1268. doi:10.1093/nar/gkt982. PMC 3965124. PMID 24170808.
  36. ↑ (англ.) Iwasaki W, Fukunaga T, Isagozawa R, Yamada K, Maeda Y, Satoh TP, Sado T, Mabuchi K, Takeshima H, Miya M, Nishida M (November 2013). MitoFish and MitoAnnotator: a mitochondrial genome database of fish with an accurate and automatic annotation pipeline. Molecular Biology and Evolution. 30 (11): 2531—2540. doi:10.1093/molbev/mst141. PMC 3808866. PMID 23955518. {{cite journal}}: Недійсний |display-authors=6 (довідка)
  37. ↑ (англ.) Cawthorn DM, Steinman HA, Witthuhn RC (Листопад 2011). Establishment of a mitochondrial DNA sequence database for the identification of fish species commercially available in South Africa. Molecular Ecology Resources. 11 (6): 979—991. doi:10.1111/j.1755-0998.2011.03039.x. PMID 21689383. S2CID 205971257.
  38. ↑ (англ.) Lee YS, Oh J, Kim YU, Kim N, Yang S, Hwang UW (Січень 2008). Mitome: dynamic and interactive database for comparative mitochondrial genomics in metazoan animals. Nucleic Acids Research. 36 (Database issue): D938—D942. doi:10.1093/nar/gkm763. PMC 2238945. PMID 17940090.
  39. ↑ (англ.) Catalano D, Licciulli F, Turi A, Grillo G, Saccone C, D'Elia D (Січень 2006). MitoRes: a resource of nuclear-encoded mitochondrial genes and their products in Metazoa. BMC Bioinformatics. 7: 36. doi:10.1186/1471-2105-7-36. PMC 1395343. PMID 16433928.
  40. ↑ (англ.) Kumar M, Kapil A, Shanker A (Листопад 2014). MitoSatPlant: mitochondrial microsatellites database of viridiplantae. Mitochondrion. 19 (Pt B): 334—337. doi:10.1016/j.mito.2014.02.002. PMID 24561221.
  41. ↑ (англ.) D'Onorio de Meo P, D'Antonio M, Griggio F, Lupi R, Borsani M, Pavesi G, Castrignanò T, Pesole G, Gissi C (Січень 2012). MitoZoa 2.0: a database resource and search tools for comparative and evolutionary analyses of mitochondrial genomes in Metazoa. Nucleic Acids Research. 40 (Database issue): D1168—D1172. doi:10.1093/nar/gkr1144. PMC 3245153. PMID 22123747. {{cite journal}}: Недійсний |display-authors=6 (довідка)

Джерела

[ред. | ред. код]
  • Faktorová, Drahomíra; Dobáková, Eva; Peña-Diaz, Priscila; Lukeš, Julius (2016). From simple to supercomplex: mitochondrial genomes of euglenozoan protists. F1000Research. 5: 392. doi:10.12688/f1000research.8040.2. ISSN 2046-1402.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)(англ.)
Отримано з https://uk.wikipedia.org/w/index.php?title=Мітохондріальна_ДНК&oldid=43824037